Институт тяги и подвижного состава

• Кафедра Транспорт железных дорог
• Кафедра Транспортно-технологические комплексы

Институт управления, автоматизации и телекоммуникаций

• Кафедра Организация перевозок и безопасность на транспорте
• Кафедра Технология транспортных процессов и логистика
• Кафедра Автоматика, телемеханика и связь 
• Кафедра Информационные технологии и системы

Электроэнергетический институт

• Кафедра Системы электроснабжения
• Кафедра Электротехника, электроника и электромеханика

Институт транспортного строительства

• Кафедра Строительные конструкции, здания и сооружения
• Кафедра Строительство
• Кафедра Гидравлика и водоснабжение
• Кафедра Мосты, тоннели и подземные сооружения
• Кафедра Железнодорожный путь
• Кафедра Изыскания и проектирование железных и автомобильных дорог
  

Институт экономики

• Кафедра Менеджмент
• Кафедра Экономика и коммерция
• Кафедра Финансы и бухгалтерский учет

Естественно-научный институт

• Кафедра Высшая математика
• Кафедра Физика и теоретическая механика
• Кафедра Нефтегазовое дело, химия и экология
• Кафедра Вычислительная техника и компьютерная графика
• Кафедра Техносферная безопасность

Социально-гуманитарный институт

• Кафедра Теория и история государства и права
• Кафедра Философия, социология и право
• Кафедра Иностранные языки и межкультурная коммуникация
• Кафедра Физическое воспитание и спорт
• Кафедра Гражданское, предпринимательское и транспортное право
• Кафедра Общая, юридическая и инженерная психология
• Кафедра Уголовно-правовые дисциплины
• Кафедра Таможенное право и служебная деятельность

Институт международного сотрудничества

• Кафедра Международные коммуникации, сервис и туризм

• Сектор академической мобильности

Факультет воздушных сообщений

Институт военного обучения

• Учебный военный центр

• Факультет военного обучения

Факультет довузовской подготовки

• Лицей
• Хозрасчетные подготовительные курсы

Институт интегрированных форм обучения (заочное обучение)

Факультет среднего профессионального образования - Хабаровский техникум железнодорожного транспорта

Институт дополнительного образования

• Учебный Центр по подготовке специалистов в области обеспечения транспортной безопасности (ДВУЦТБ)
• Дальневосточный Учебно-научный центр по информационной безопасности
• Учебно-аттестационный центр "Технолог"
• Учебно-аттестационный центр «Строитель»
• Центр по безопасности движения
• Учебно-методический центр профессиональной подготовки бухгалтеров и оценщиков
• Факультет "Педагогика высшей школы"
• Сетевая академия CISCO

• Центр сертификации рабочих мест по охране труда