Научно-исследовательская часть создана на базе Научно исследовательского сектора по указанию МПС РФ в 1996 году (указание № Б-694у от 07.08.1996).

Основное внимание в работе научно-производственного комплекса университета направлено на повышение эффективности взаимодействия науки и производства, на расширение и углубление связей с производством по всем аспектам деятельности вуза.

Университет является отраслевым вузом, поэтому большая часть исследований и разработок выполняется по заказам ОАО «РЖД» и железных дорог. В плане НИОКР университета также имеются работы, выполняемые для строительных и других организаций региона.

Для выполнения этих работ в ДВГУПС сформировалась и интенсивно развивается достаточно мощная структура научно-производственного комплекса, состоящая из 7 проблемных научно-исследовательских лабораторий, 1 научно-внедренческого и 5 научно-инженерных центров, большой группы творческих коллективов кафедр, ряда сервисных подразделений.

С целью развития и систематизации научных исследований в последние годы в университете созданы и активно включились в научно-исследовательскую, внедренческую, аттестационную и сертификационную деятельность следующие новые структурные подразделения:

• Центр энергоаудита промышленных предприятий, который объединяет усилия кафедр энергетической направленности и водоснабжения. Под этот проект на двухлетний период заключен договор с Дальневосточной железной дорогой на 12 млн. рублей, проводится работа на линейных предприятиях;
• Центр по сертификации рабочих мест по охране труда. Основными задачами центра сертификации являются проведение измерений при аттестации рабочих мест, сертификация работ по охране труда в организациях, оформление и выдача сертификатов соответствия работ по охране труда, инспекционный контроль над сертификационными работами по охране труда в организациях;
• Центр гуманитарных и социально-экономических исследований. Основными направлениями деятельности Центра являются: проведение научно-исследовательской работы в гуманитарной и социально-экономической сфере; создание университетского информационного банка данных гуманитарных и социально-экономических научных исследований; организация и проведение научных и научно-практических конференций по гуманитарным и социально-экономическим наукам. В мае 2005 и 2006 годах Центром организованы и проведены Международные симпозиумы "Культурно-экономическое сотрудничество стран северо-восточной Азии";
• Центр «Технолог». Центром получены лицензии по следующим видам работ: аттестация сварщиков и специалистов сварочного производства, механические испытания, химический анализ, неразрушающий контроль. За прошедший год созданы лаборатории: механизированной сварки металлов, сварки полимеров, механических испытаний, химического анализа, неразрушающего контроля. В Центре прошли аттестацию свыше 670 работников региона.

Наиболее значимые, эффективные разработки, внедряемые на сети железных дорог:

а) в области пути и путевого хозяйства:

• Дорожная система диспетчерского контроля состояния устройств путевого хозяйства. В результате ее внедрения будет возможно оперативное получение данных о техническом состоянии устройств дороги.
• Программный комплекс системы моделирования и прогнозирования показателей надежности и остаточного ресурса искусственных сооружений, эксплуатируемых в суровых климатических условиях. Его внедрение приведет к снижению эксплуатационных расходов на 20-30% и увеличению долговечности сооружений;
• Конструкция пути переменной жесткости, используемая на подходах к искусственным сооружениям с целью стыкования современных конструкций пути безбалластного типа с обычным. При этом используются отбракованные, негодные для укладки в бесстыковой путь железобетонные конструкции в комплексе с переменной эпюрой шпал и брусьев и толщиной балласта. Годовой экономический эффект от внедрения подобных конструкций в зоне моста через р. Амур в г. Хабаровске и Кипарисовском тоннеле в Приморском крае составляет более 10 млн. рублей, срок окупаемости - менее одного года;
• Технология укрепления обвальных участков в скальных выемках и полувыемках. Результат - повышение безопасности движения подвижного состава и снижение эксплуатационных затрат.

б) по локомотивному хозяйству:

• Цепи управления подвижного состава на бесконтактных элементах;
• Система оперативного мониторинга параметров работы тягового подвижного состава;
• Технология изготовления электродов из минерального сырья Дальневосточного региона;
• Технологии диагностики состояния изоляции электрооборудования, планирование, анализ и корректировка расхода топливно-энергетических ресурсов на тягу поездов дороги, отделения и депо на базе компьютерных технологий.

в) в области электроснабжения:

• Технология обеспечения надежной работы системы защиты тяговой сети с многократным продольным секционированием;
• Аппаратные средства по входному контролю зажимов контактной подвески, угольных вставок токоприемников.

г) в области гражданских сооружений:

• Технологические процессы обеззараживания воды, технологических и канализационных стоков.
  

 C 2008 года Научно-исследовательская часть преобразована в Управление научно-исследовательскими работами.